Νέα μεθοδολογία ανίχνευσης μεταλλάξεων σε δείγμα λυμάτων

Νέα  μοριακή μεθοδολογία ευαίσθητης ανίχνευσης και ποσοτικού προσδιορισμού των μεταλλαγμένων στελεχών/παραλλαγών του SARS-CoV-2 σε δείγματα λυμάτων ανέπτυξε ομάδα του ΕΚΠΑ. Αίτηση έχει κατατεθεί για χορήγηση Εθνικού και Διεθνούς Διπλώματος Ευρεσιτεχνίας.

Η έρευνα προχώρησε σε συνεργασία με άλλες Ερευνητικές Μονάδες στο πλαίσιο προγράμματος με επιστημονικό υπεύθυνο τον Καθηγητή Ανδρέα Σκορίλα. Πρόκειται για  μια σειρά μοριακών μεθόδων στις οποίες περιλαμβάνεται και η αλληλούχηση επόμενης γενιάς (Next Generation Sequencing/NGS).

Η νέα μεθοδολογία ανακοινώθηκε σε σχετικό άρθρο με τίτλο «Novel Nested-Seq Approach for SARS-CoV-2 Real-time Epidemiology and In-depth Mutational Profiling in Wastewater» και υπογράφεται από τους ερευνητές Μαργαρίτη Αυγέρη, Παναγιώτη Αδαμόπουλο, Αικατερίνη Γαλάνη, Μαριέτα Ξαγοράρη, Δημήτριο Γουργιώτη, Ιωάννη Τρουγκάκο, Νικόλαο Βούλγαρη, Θάνο Δημόπουλο (Πρύτανης ΕΚΠΑ), Νικόλαο Θωμαΐδη και Ανδρέα Σκορίλα. Το άρθρο έγινε δεκτό για δημοσίευση στο έγκριτο διεθνές επιστημονικό περιοδικό «International Journal of Molecular Sciences».

Ειδικότερα, η νέα υπερευαίσθητη μοριακή μεθοδολογία αναπτύχθηκε για τον προσδιορισμό μεταλλάξεων σε «δύσκολα δείγματα», σε διεθνές επίπεδο. Η μέθοδος αξιολογήθηκε από αρκετούς ανώνυμους διεθνείς κριτές, οι οποίοι αποδέχτηκαν τη μεθοδολογική διαδικασία, τη σπουδαιότητα και την πρωτοτυπία.

Η μελέτη των επιπέδων και των μεταλλαγμένων στελεχών του SARS-CoV-2 στα λύματα πόλεων και δομών  εκτιμάται ότι είναι μια καινοτόμος και οικονομικά αποδοτική προσέγγιση. Στόχος είναι η δημιουργία ενός συστήματος επιτήρησης της επιδημιολογίας του SARS-CoV-2 σε τοπικό επίπεδο πληθυσμού αλλά και σε εθνικό επίπεδο.

Πλεονέκτημα θεωρείται ότι  μπορεί να εξάγει αποτελέσματα ακόμη και σε 50ml δείγματος. Επίσης, είναι ιδιαίτερα σημαντική διότι δείχνει την παρουσία και την εκατοστιαία αναλογία των μεταλλαγμένων στελεχών στο σύνολο που πληθυσμού μιας πόλης ή μιας τουριστικής δομής.

Στη σχετική ανακοίνωση τονίζεται πως η συγκεκριμένη μεθοδολογία πληροί τις προϋποθέσεις τής από 15-3-2021 σχετικής σύστασης της Ευρωπαϊκής Επιτροπής για την κοινή προσέγγιση κατά τη δημιουργία συστηματικής επιτήρησης του SARS–CoV-2 και των παραλλαγών του στα λύματα.  Αξιοσημείωτο είναι ότι εντοπίζει εγκαίρως νέες παραλλαγές που μόλις άρχισαν να εισέρχονται στον πληθυσμό.

Ήδη έχει διαπιστωθεί πως τα πρώτα αποτελέσματα εφαρμογής της μεθόδου βρίσκονται σε συμφωνία με τα αντίστοιχα μεταγενέστερα κλινικά δεδομένα σε δείγματα ασθενών του πληθυσμού. Συνεπώς, εκτιμάται πως η αξιοποίηση του ελέγχου των στελεχών του SARS-CoV-2 στα λύματα πόλεων ή άλλης δομής  είναι έγκαιρος δείκτης της εξάπλωσης νέων παραλλαγών του ιού στον πληθυσμό.

Πέρα από τη γονιδιωματική επιτήρηση των νέων στελεχών SARS-CoV-2, θεωρείται πως με τη κατάλληλη τροποποίηση, άλλων ιών ή βακτηρίων,  θα εξασφαλιστεί η αναγκαία πληροφόρηση για την επιδημιολογική επιτήρηση καθώς και τον ανασχεδιασμό νέων εμβολίων και  φαρμακευτικών πρωτοκόλλων.

Abstract: https://www.mdpi.com/1422-0067/22/16/8498
HTML Version: https://www.mdpi.com/1422-0067/22/16/8498/html
PDF Version: https://www.mdpi.com/1422-0067/22/16/8498/pdf