Κύριοι στόχοι του σχεδίου είναι η ασφάλεια κατά την υποδοχή των μεταναστών- προσφύγων και η προστασία της ευάλωτης ομάδας των ασυνόδευτων παιδιών, η παροχή υγειονομικής περίθαλψης και πρόληψης στους πληθυσμούς αυτούς, η παραπομπή τους σε άλλες δομές του ΕΣΥ αν αυτό κρίνεται αναγκαίο, και η προάσπιση της δημόσιας υγείας του γενικού πληθυσμού.

Οι πλέον σημαντικές δράσεις του Έργου αφορούν στα εξής:

1. Δημιουργία αυτόνομων δομών παροχής πρωτοβάθμιων υπηρεσιών υγείας στις πύλες εισόδου των νησιωτικών περιοχών και στα ΠΚΚΜ Αττικής.

Οι δομές αυτές θα έχουν χαρακτήρα Πολυδύναμων Περιφερειακών Ιατρείων, τα οποία θα στελεχωθούν με ιατρικό και νοσηλευτικό προσωπικό και θα διαθέτουν τον αναγκαίο υλικοτεχνολογικό εξοπλισμό. 

1. Δημιουργία ενός κεντρικού μηχανισμού εποπτείας και διοίκησης των παραπάνω δομών απευθείας από το ΚΕΕΛΠΝΟ.
2. Δράσεις εκπαίδευσης και προετοιμασίας όσων εμπλέκονται στο μηχανισμό υποδοχής και υποστήριξης των προσφύγων και μεταναστών (στελέχη Ελληνικής Αστυνομίας, Λιμενικού κλπ).
3.  Δημιουργία συστήματος καταγραφής και αξιολόγησης επιδημιολογικών δεδομένων.
4. Εκστρατεία ενημέρωσης και ευαισθητοποίησης των τοπικών κοινωνιών.

Το κόστος των δράσεων θα καλυφθεί εξολοκλήρου από ευρωπαϊκά κονδύλια χωρίς επιβάρυνση του κρατικού προϋπολογισμό.

Το σχέδιο υγειονομικής περίθαλψης των προσφύγων, εντάσσεται στον ευρύτερο σχεδιασμό για την αντιμετώπιση των προσφυγικών ροών, υπό το συντονισμό του υπουργείου Μεταναστευτικής Πολιτικής.