ΕΚΠΑ: Νέα μεθοδολογία ανίχνευσης και ανάλυσης μεταλλάξεων στα λύματα

Νέα μοριακή μεθοδολογία ανίχνευσης, η οποία επιτρέπει και τον ποσοτικό προσδιορισμό μεταλλαγμένων στελεχών του SARS-CoV-2 ανέπτυξαν ερευνητικές Μονάδες στο ΕΚΠΑ. Η μεθοδολογία αφορά σε δείγματα λυμάτων, αξιοποιώντας μια σειράς τεχνικών, στις οποίες περιλαμβάνεται και η αλληλούχηση επόμενης γενιάς (Next Generation Sequencing/NGS).

Πρόκειται για υπερευαίσθητη μεθοδολογία που καθιστά δυνατή την εξασφάλιση αποτελεσμάτων ακόμη και σε 50ml δείγματος. Οι επιστήμονες μπορούν να διαπιστώσουν την παρουσία και την εκατοστιαία αναλογία των μεταλλαγμένων στελεχών στο σύνολο που πληθυσμού μιας πόλης, αλλά και την ύπαρξη νέων μεταλλάξεων και πρωτοεμφανιζόμενων στελεχών.

Η ομάδα επιστημόνων του ΕΚΠΑ αποτελείται από τους καθηγητές Ανδρέα Σκορίλα (Επιστημονικό Υπεύθυνο), Νικόλαο Θωμαΐδη, Δημήτριο Γουργιώτη, Ιωάννη Τρουγκάκο, Νικόλαο Βούλγαρη (Αντιπρύτανης ΕΚΠΑ) και τον Αναπληρωτή Καθηγητή Μαργαρίτη Αυγέρη.

Η νέα προσέγγιση διευκολύνει τη γονιδιωματική επιτήρηση των νέων στελεχών SARS-CoV-2 αλλά και άλλων ιών ή βακτηρίων δίνοντας την αναγκαία πληροφόρηση για την επιδημιολογική επιτήρηση, καθώς και τον ανασχεδιασμό των νέων εμβολίων και  φαρμακευτικών πρωτοκόλλων.

Οι ερευνητές εφάρμοσαν την μεθοδολογία και ανέλυσαν δείγματα λυμάτων της Περιφερειακής Ενότητας Αττικής, τα οποία ελήφθησαν σε καθημερινή βάση κατά το διάστημα από την 1^η έως και τις 26 Φεβρουαρίου.

Αναλυτικά ελέγχθηκε το ενδεχόμενο ύπαρξης 35 «ειδικών μεταλλάξεων – γενετικών δεικτών (genetic markers) του γονιδίου S (Spike) για τις παραλλαγές ειδικού ενδιαφέροντος (Variants οf Concern – VOC)» και «οι παραλλαγές υπό διερεύνηση (Variants οf Interest – VOI)» όπως τονίζεται σε σχετική ανακοίνωση.

Οι ερευνητές εντόπισαν:

• το στέλεχος Β.1.1.7/UK lineage (Variant VOC_202012/01) -γνωστό ως «Βρετανικό», σε ποσοστό 96,8% επί του συνόλου των αλληλουχιών,
• τη μετάλλαξη S:A222V, η οποία είχε αρχικά ταυτοποιηθεί στο στέλεχος Β.1.177/Spain (Variant 20A.EU1) – γνωστό ως «Ισπανικό» στέλεχος – προσδιορίστηκε σε ποσοστό ~26%. Σημειώνεται πως το «Ισπανικό» στέλεχος που επικρατούσε τον Νοέμβριο φαίνεται να συνδυάζεται κατά ένα μικρό ποσοστό με το “βρετανικό” και σιγά σιγά να εξαλείφεται.
• μια σειρά νέων μεταλλάξεων εντοπίστηκαν και βρίσκονται υπό περαιτέρω διερεύνηση.

Άξιο αναφοράς είναι ότι ήδη, το ΕΚΠΑ και τους ερευνητές έχουν κάνει αίτηση για χορήγηση Εθνικού και Διεθνούς Διπλώματος Ευρεσιτεχνίας (πατέντας). Επίσης αναμένεται η δημοσίευση σε διεθνές επιστημονικό περιοδικό υψηλής εμβέλειας, σχετικού επιστημονικού άρθρου.