Πανδημία: Γιατί οι επιστήμονες παρακολουθούν τα λύματα;

Την αναγκαιότητα παρακολούθησης της εξέλιξης της πανδημίας του SARS-CoV-2 τονίζουν οι επιστήμονες, αξιοποιώντας μη παρεμβατικά και χαμηλού κόστους εργαλεία, όπως είναι η Επιδημιολογία Λυμάτων.

Ακολουθώντας την εν λόγω μεθοδολογία μπορεί να εξασφαλιστεί έγκαιρη και έγκυρη προειδοποίηση, συνεπικουρώντας το έργο των αρμόδιων αρχών στη λήψη σωστών αποφάσεων την κατάλληλη στιγμή.

Βιβλιογραφική  ανασκόπηση και καταγραφή των μεθοδολογιών προσδιορισμού του ιικού φορτίου στα λύματα επιχείρησε  μια διεπιστημονική ομάδα του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών (ΕΚΠΑ), υπό την καθοδήγηση του Καθηγητή Αναλυτικής Χημείας Νικόλαου Θωμαΐδη, και συνσυγγραφείς τους Νικ. Αλυγιζάκη, Αθ. Μάρκου, Νικ. Ρούση, Κατ. Γαλάνη, Mαργ. Αυγέρη, Παν. Αδαμόπουλο, Ανδ. Σκορίλα, Ευ. Λιανίδου, Δημ. Παρασκευή, Σωτ. Τσιόδρα,  Αθ. Τσακρή και Θάνο Δημόπουλο (Πρύτανη ΕΚΠΑ).

Άξιο αναφοράς είναι  άρθρο, το οποίο σχολιάζει τις υπάρχουσες μεθοδολογίες που έχουν εφαρμοστεί σε παγκόσμια κλίμακα και δημοσιεύτηκε στο διεθνούς φήμης και μεγάλης απήχησης (Impact Factor 9.8) περιοδικό Trends in Analytical Chemistry (https://doi.org/10.1016/j.trac.2020.116125).

Το Εργαστήριο Αναλυτικής Χημείας παρακολουθεί το ιικό φορτίο του SARS–CoV-2 στα αστικά λύματα του Κέντρου Επεξεργασίας Λυμάτων (ΚΕΛ) της Ψυττάλειας (ΕΥΔΑΠ). Τα στοιχεία για το λεκανοπέδιο Αττικής παρέχονται καθημερινά στη Γενική Γραμματεία Δημόσιας Υγείας και στην Επιτροπή Εμπειρογνωμόνων του Υπουργείου Υγείας.

Οι συνθήκες φύλαξης των δειγμάτων, τα στάδια προσυγκέντρωσης και απομόνωσης του ιικού φορτίου είναι ιδιαίτερα κρίσιμα και πρέπει να ελέγχονται με εξωγενή πρότυπα και πειράματα επικύρωσης, ώστε να πραγματοποιείται ο έλεγχος ποιότητας της μεθοδολογίας και να εξασφαλίζεται η αξιοπιστία των αποτελεσμάτων.

Για τον εντοπισμό του αυξημένου ιικού φορτίου αξιοποιήθηκε η τεχνική της RT-qPCR, η οποία παρέχει υψηλή ευαισθησία και απόδοση με χαμηλό κόστος.

Στόχος της ομάδας είναι να γίνει η αρχή και να υπάρξει η γνώση για τις έρευνες που εκπονούνται σχετικά με την ανίχνευση του SARS-CoV-2 στα λύματα. Παράλληλα, διενεργούνται σημαντικές ερευνητικές προσπάθειες σε πολλές ακαδημαϊκές μονάδες του ΕΚΠΑ.

Οι επόμενες εργασίες σχετικά με την παρουσία του SARS-CoV-2 στα λύματα αφορούν:

1. Την ανάπτυξη και επικύρωση νέου μοντέλου υπολογισμού των μολύνσεων από SARS-CoV-2 στην περιφέρεια της Αττικής σε καθημερινή βάση από τα λύματα.
2. Την ανάπτυξη πρωτότυπων και υπερευαίσθητων νέων μοριακών μεθοδολογιών για την ανίχνευση και αλληλούχηση του ιού SARS-CoV-2 σε αστικά λύματα και σε κλειστές δομές, οι οποίες αναμφισβήτητα αποτελούν εστίες υπερμετάδοσης (υπό το συντονισμό του Καθηγητή Κλινικής Βιοχημείας, Ανδ. Σκορίλα).
3. Την ανάπτυξη μιας πολλαπλής RT-ddPCR με σκοπό την άμεση απόλυτη ποσοτικοποίηση του αριθμού των αντιγράφων του ιού σε κλινικά δείγματα χωρίς την ανάγκη εξωτερικής βαθμονόμησης (υπό το συντονισμό της Καθηγήτριας Αναλυτικής και Κλινικής Χημείας, Ε. Λιανίδου). Η droplet digital PCR (ddPCR) αποτελεί μια εξελιγμένη τεχνική ποσοτικής PCR με πολλά πλεονεκτήματα ως προς την αναλυτική ευαισθησία. Το κύριο πλεονέκτημα της αναπτυσσόμενης πολλαπλής RT-ddPCR έναντι της RT-qPCR είναι η πολύ καλή ειδικότητα, και η ακρίβεια στον ποσοτικό προσδιορισμό σε πολύ χαμηλά επίπεδα συγκεντρώσεων ιικού φορτιού.
4. Την εφαρμογή μεθοδολογιών με ddPCR για την ποσοτικοποίηση των αντιγράφων του SARS-CoV-2 που βρίσκονται στα λύματα με χαμηλό ιικό φορτίου λόγω της υψηλής ευαισθησίας και ακρίβειας της.