Πολύτιμο «εργαλείο» η γονιδιωματική ιχνηλάτηση

Το προβάδισμα που προσφέρει η γονιδιωματική παρακολούθηση του SARS-CoV-2 επισημαίνουν ερευνητές. Η μέθοδος αυτή εκτιμάται ότι συμβάλει στη λήψη στοχευμένων μέτρων δημόσιας υγείας για να επιβραδυνθεί και τελικά να σταματήσει η εξάπλωσή του ιού.

Την καινοτόμο μέθοδο  ιχνηλάτησης των επαφών, που εφάρμοσαν ερευνητές στην Αυστραλία εξέτασε μελέτη, που δημοσιεύθηκε στο περιοδικό Nature Medicine.

Οι καθηγητές της Θεραπευτικής Κλινικής της Ιατρικής Σχολής του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, Ευστάθιος Καστρίτης και Θάνος Δημόπουλος (Πρύτανης ΕΚΠΑ), συνοψίζουν τα δεδομένα αυτά.

Ειδικότερα, η επονομαζόμενη γονιδιωματική επιτήρηση έχει ως βάση την ιδέα ότι όταν ο ιός μεταδίδεται από άτομο σε άτομο κατά την διάρκεια μερικών μηνών, μπορεί να αποκτήσει τυχαίες παραλλαγές (μεταλλάξεις) στην ακολουθία του γενετικού του κώδικα.

Αυτές οι μοναδικές παραλλαγές στο γενετικό υλικό του ιού χρησιμεύουν ως διακριτικά «δακτυλικά αποτυπώματα», δηλαδή:

• οι ερευνητές μπορούν να «δακτυλογραφήσουν» τα γονιδιώματα του SARS-CoV-2 που λαμβάνονται από άτομα πρόσφατα μολυσμένα,
• να αντλήσουν πληροφορίες για το εάν ο συγκεκριμένος ιός εξαπλώθηκε τοπικά για λίγο ή μόλις έφτασε από άλλο μέρος του πλανήτη και
• πού διαδόθηκε ο υπότυπος του ιού μέσα σε μια κοινότητα καθώς και
• εάν και πότε σταμάτησε να κυκλοφορεί και να μεταδίδεται.

Συγκεκριμένα, η μελέτη πραγματοποιήθηκε στο Πανεπιστήμιο του Σίδνεϋ σε συνεργασία με την ομάδα ιχνηλάτησης των επαφών του Υπουργείο Υγείας της Νέας Νότιας Ουαλίας (NSW), της πιο πυκνοκατοικημένης πολιτείας της Αυστραλίας,  ώστε να περιορίσει το αρχικό ξέσπασμα της επιδημίας του  SARS-CoV-2 από τα τέλη Ιανουαρίου έως τον Μάρτιο.

Η ομάδα προχώρησε σε γονιδιωματική παρακολούθηση, αξιοποιώντας δεδομένα αλληλούχησης που ελήφθησαν σε διάστημα πέντε ημερών, για να κατανοήσει τα τοπικά μοτίβα μετάδοσης του ιού.

Επιδίωξη ήταν να συγκρίνουν αυτό που έμαθαν από τη γονιδιωματική παρακολούθηση με τις προβλέψεις που έγιναν από ένα εξελιγμένο υπολογιστικό μαθηματικό μοντέλο για το πώς μπορεί να εξαπλωθεί ο ιός μεταξύ των περίπου 24 εκατομμυρίων πολιτών της Αυστραλίας.

Μελετώντας 1.617 γνωστές περιπτώσεις COVΙD-19 στο Σίδνεϋ, κατά τη διάρκεια της τριμηνιαίας περιόδου μελέτης, οι ερευνητές αλληλούχησαν το γονιδιώμα του ιού από 209 (13%) περιπτώσεις κρουσμάτων.

Συγκρίνοντας αυτές τις αλληλουχίες με άλλες που κυκλοφορούν στο εξωτερικό (εκτός Αυστραλίας), διαπίστωσαν:

• μεγάλη ποικιλία γενετικών παραλλαγών, υποδεικνύοντας ότι ο SARS-CoV-2 είχε εισαχθεί στο Σίδνεϋ πολλές φορές και από πολλά μέρη από όλο τον κόσμο.
• 209 υπό μελέτη περιπτώσεις περιλάμβαναν 27 ξεχωριστά γονιδιωματικά «δακτυλικά αποτυπώματα».
• ένα σημαντικό μερίδιο των περιπτώσεων COVID-19 φάνηκε να προήλθε από την άμεση εξάπλωση του ιού μεταξύ των ατόμων σε συγκεκριμένα μέρη ή εγκαταστάσεις.

Αξιοσημείωτο είναι ότι τα γονιδιωματικά στοιχεία βοήθησαν στην παροχή πληροφοριών που διαφορετικά δεν θα μπορούσαν να είχε διαπιστώσει η ομάδα της ιχνηλάτηση των επαφών με τις συμβατικές μεθόδους: Να εντοπίσουν προηγουμένως ανυποψίαστους συνδέσμους μεταξύ ορισμένων περιπτώσεων COVID-19 και να επιβεβαιώσουν άλλους συνδέσμους που διαφορετικά δεν ήταν σαφείς.

Πλεονέκτημα προσέφερε καθώς για σχεδόν 40 % των περιπτώσεων COVID-19 (81 από τις 209) για τις οποίες μόνο τα συμβατικά δεδομένα ιχνηλάτησης δεν μπορούσαν να εντοπίσουν μια την αρχική  πηγή μόλυνσης: Εντοπίστηκαν 26 περιπτώσεις στις οποίες ένα άτομο που έφτασε πρόσφατα στην Αυστραλία από το εξωτερικό μετέδωσε  τον ιό σε άλλους που δεν είχαν ταξιδέψει και πιθανές πηγές στην κοινότητα για άλλες 15 περιπτώσεις που αποκτήθηκαν τοπικά και δεν ήταν γνωστές με βάση τα δεδομένα συμβατικά δεδομένα ιχνηλάτησης από την κοινότητα.