Σαρώνει στην Αττική η Όμικρον-Πρωτοποριακή ανάλυση στα λύματα

Η παραλλαγή Όμικρον εμφανίζει έντονη δυναμική επικράτησης στην Αττική με σταδιακή αντικατάσταση του μέχρι σήμερα επικρατούντος στελέχους Δέλτα. Στο συμπέρασμα αυτό κατέληξε έρευνα σε δείγματα λυμάτων στην Αττική μέσω νέας μοριακής μεθοδολογίας που αναπτύχτηκε στο ΕΚΠΑ.

Με βάση τα αποτελέσματα των αναλύσεων προκύπτει ότι η παραλλαγή Όμικρον ανιχνεύεται στα δείγματα από 20 έως 23 Δεκεμβρίου, ενώ στα δείγματα από 24 έως 28 Δεκεμβρίου παρατηρείται σημαντική αύξηση. Ειδικότερα:

• Την περίοδο 1-15 Δεκεμβρίου, τα αποτελέσματα της ανάλυσης ανέδειξαν την επικράτηση του στελέχους Δέλτα σε ποσοστό άνω του 99%!
• Την περίοδο 16-26 Δεκεμβρίου, εντοπίστηκε σημαντική αύξηση του ποσοστού γενετικών δεικτών του στελέχους Όμικρον σε ποσοστό 34,4%, και την ταυτόχρονη σημαντική μείωση των αντίστοιχων γενετικών δεικτών του στελέχους Δέλτα. 

Η νέα μοριακή μεθοδολογία ευαίσθητης ανίχνευσης και ποσοτικού προσδιορισμού των μεταλλαγμένων στελεχών/παραλλαγών του SARS-CoV-2 σε δείγματα λυμάτων με χρήση μιας σειράς μοριακών μεθόδων και αλληλούχηση επόμενης γενιάς (Next Generation Sequencing/NGS) έχει αναπτυχθεί από ομάδα επιστημόνων, με επιστημονικό υπεύθυνο τον Καθηγητή Ανδρέα Σκορίλα. 

Η συγκεκριμένη υπερευαίσθητη μεθοδολογία είναι ιδιαίτερα σημαντική, διότι δείχνει την παρουσία και την εκατοστιαία αναλογία των μεταλλαγμένων στελεχών στο σύνολο του πληθυσμού μιας πόλης. Επιπλέον, ανιχνεύει έγκαιρα, εντός 2 ημερών, νέες μεταλλάξεις και στελέχη/παραλλαγές που μόλις άρχισαν να εισέρχονται στον πληθυσμό. Η μεθοδολογία πληροί τις προϋποθέσεις τής από 15-3-2021 σχετικής σύστασης της Ευρωπαϊκής Επιτροπής για την κοινή προσέγγιση κατά τη δημιουργία συστηματικής επιτήρησης του SARS-CoV-2 και των παραλλαγών του στα λύματα. Επιπροσθέτως, ανιχνεύει εγκαίρως νέα στελέχη/παραλλαγές που αρχίζουν να εισέρχονται στην κοινότητα.

Στην επιστημονική ομάδα συμμετέχουν οι Νικόλαος Θωμαΐδης, Μαργαρίτη Αυγέρη, Αθηνά Μάρκου,  Εύη Λιανίδου, Δημήτριος Γουργιώτης, Θεοδώρα Ψαλτοπούλου, Παναγιώτης Αδαμόπουλου, Λάμπρος Δημητρακόπουλο, Κατερίνα Γαλάνη, Μάριος Διαμαντόπουλος,  Μάριος Κωστάκης, Κατερίνα Κοντού, Βασίλης Κάπες, Νικόλαος Βούλγαρης και Θάνος Δημόπουλος (πρύτανης ΕΚΠΑ). Το σχετικό άρθρο με τίτλο “Novel Nested-Seq Approach for SARS-CoV-2 Real-time Epidemiologyand In-depth Mutational Profiling in Wastewater” δημοσιεύτηκε στο έγκριτο διεθνές επιστημονικό περιοδικό “International Journal of Molecular Sciences”, ενώ έχει κατατεθεί από το ΕΚΠΑ αίτηση για χορήγηση Εθνικού και Διεθνών Διπλωμάτων Ευρεσιτεχνίας.