Η απουσία μιας συγκεκριμένης εφαρμογής εμποδίζει τους υπαλλήλους του ΕΟΠΥΥ να καταχωρήσουν τα αποτελέσματα της εκκαθάρισης, παρότι η πλειοψηφία των Περιφερειακών ΔΙευθύνσεων (ΠΕΔΙ) έχουν εκκαθαρίσει πλήρως τις ληξιπρόθεσμες οφειλές και έχουν προχωρήσει και στην εκκαθάριση των ετών 2012-2013. Αυτό καταγγέλλει ο ίδιος ο Πανελλήνιος Σύλλογος Εργαζομένων ΕΟΠΥΥ, που κάνει λόγο για «πλασματική» καθυστέρηση εξόφλησης των παρόχων του οργανισμού και θεωρούν «ανεπίτρεπτο να χρεώνουν αδυναμία και ευθύνες στους εργαζόμενους».
Όπως αναφέρει η Ένωση Μικροβιολόγων Βιοπαθολόγων Λάρισας (εδώ), «ο έλεγχος ολοκληρώθηκε σε ποσοστό 90 % που ο ίδιος ο ΕΟΠΥΥ νομοθέτησε να γίνεται . Το υπόλοιπο 10 % εδώ και τρία χρόνια οι υπάλληλοι δεν έχουν εντολή να το ελέγξουν και φυσικά να το εκκαθαρίσουν». Την ίδια ώρα, ζητείται από τους παρόχους να πληρώσουν για έλεγχο που έχει ήδη γίνει και οποίος, επιπλέον, μπορεί να γίνει άμεσα και ηλεκτρονικά από το ίδιο το Υπουργείο Υγείας.
Την ίδια ώρα, οι ίδιοι οι πάροχοι καταγγέλλουν ότι τους ζητείται να συνάψουν σύμβαση με ΙΕΕ, οι οποίες δεν διαθέτουν ούτε την εμπειρία, ούτε το προσωπικό, ούτε τις δυνατότητες για να πραγματοποιήσουν τους ελέγχους. Οι εργαζόμενοι του ΕΟΠΥΥ, εκτιμούν ότι τελικά θα αναγκαστούν να χρησιμοποιήσουν δομές του Οργανισμού και θεωρούν αδιανόητο οι ΠΕΔΙ να οριστικοποιούν δαπάνες που δεν έχουν ελέγξει οι αρμόδιοι υπάλληλοι, ενώ διερωτώνται αν το ελεγκτικό συνέδριο θα εγκρίνει τα σχετικά χρηματικά εντάλματα.
«Μέσα στο δεύτερο εξάμηνο του 2013 έχουν κινηθεί τάχιστα οι διαδικασίες από την Πολιτική Ηγεσία του Υπουργείου Υγείας με την θέσπιση δύο διατάξεων νόμου και την έκδοση αρκετών υπουργικών αποφάσεων, ώστε να «ανοίξει ο δρόμος για τις ελεγκτικές εταιρείες». Λυπούμαστε που δυόμισι χρόνια δεν έχουμε δει την ίδια σπουδή για να ομαλοποιηθούν τα οργανωτικά και λειτουργικά προβλήματα του Οργανισμού», τονίζουν από την πλευρά τους οι Εργαζόμενοι του ΕΟΠΥΥ.